Subjonctif ou indicatif

L'emploi du subjonctif est complexe. Nous n'envisagerons qu'une partie de ses « subtilités »

En premier lieu, avec le subjonctif, il faut raisonner au niveau du sens et pas au niveau des règles.

Le subjonctif s'emploie quand la réalisation de l'action exprimée par le verbe est mise en doute (est incertaine) ou rejetée.
Quelques exemples pour vous faire comprendre la différence :

Moi, que je fasse cet exercice ! Il est exclu que je le fasse. -> Subjonctif
Si tu me le demandes, je ferai cet exercice -> Indicatif parce que c'est sûr je vais le faire à un moment donné
Je pense qu'il est venu -> indicatif car j'en suis certaine
Je ne pense pas qu'il soit venu -> subjonctif car ce n'est pas sûr
Je doute qu'il ait réussi-> subjonctif car incertain

Il faut donc bien réfléchir au sens des mots pour savoir quel mode utiliser : indicatif ou subjonctif
J'espère que tu comprends.
indicatif car espérer = considérer ce que l'on désire comme devant se réaliser, on est donc devant une certitude
Je voudrais que tu comprennes.  - subjonctif car je ne suis pas sûre que cela soit le cas.
Je préfère que tu m'attendes. -subjonctif car il y a un doute sur la décision que tu vas prendre.
J'imagine que tu m'attends. -indicatif car je me représente que tu attends, je ne mets pas ce fait en doute.

Les verbes : dire, affirmer, prévoir, penser, croire, espérer, être certain, imaginer, être probable, utilisés à la forme affirmative ont une valeur de vérité: on utilise donc l'indicatif dans la proposition qui suit.

Les verbes : vouloir, ordonner, dire (quand il a une valeur d'ordre), défendre, douter, attendre, préférer, souhaiter, regretter, être satisfait, être possible, ont une valeur de vérité incertaine ; on emploie donc le subjonctif dans la proposition qui les suit.

Le subjonctif dans une proposition indépendante :
Il peut avoir une valeur impérative ( l'impératif français ne comportant pas de 3^ème personne)
Qu'il vienne !
Il peut exprimer le souhait.
Que Dieu le veuille !
Il peut avoir une valeur exclamative
Moi, que j'y aille !

Dans les 3 cas, l'idée que ce que je dis se réalise est mise en doute ou rejetée.

Le subjonctif dans une proposition subordonnée :
La valeur du verbe est déterminée par le contexte de la proposition principale

•- subordonnée complétive  introduite par : que , à ce que, de ce que...

On emploie le subjonctif si la valeur de vérité de ce qui est dit est mise en doute sinon on emploie l'indicatif.

•- subordonnée complément circonstanciel

exprimant le temps : on emploie le subjonctif avec « avant que » « jusqu'à ce que », sinon on emploie l'indicatif
J'attendrai jusqu'à ce qu'il ait terminé. Subjonctif
Je rentrerai avant que tu ne reviennes. Subjonctif
Je partirai dès que tu auras terminé. Indicatif
Il ira quand elle sera arrivée. Indicatif

exprimant la cause : on emploie le subjonctif quand la cause est rejetée ou fait l'objet d'une alternative sinon on emploie l'indicatif
Il a réussi parce qu'il a travaillé. :  indicatif : la cause a une valeur de vérité
Il a réussi non qu'il ait travaillé mais il a eu de la chance. : subjonctif : La cause est rejetée
Il a réussi soit qu'il soit chanceux soit qu'il ait travaillé. subjonctif : alternative

indiquant une restriction, une opposition : on emploie le subjonctif. La restriction inverse la relation de cause attendue.
Bien que Pierre soit venu, je suis sortie.
Subjonctif car la venue de Pierre aurait dû me faire rester. C'est le décalage entre ce qui est attendu et ce qui se passe qui entraîne l'emploi du subjonctif.

Certaines locutions formées avec que sont toujours suivies du subjonctif :
à condition que, afin que, à moins que, à supposer que, au lieu que, bien que, d'aussi loin que, de crainte que, de façon que, de manière que, de peur que, du plus loin que, en admettant que, en attendant que, encore que, en sorte que, jusqu'à ce que, moyennant que, peu s'en est fallu que, pour autant que, pour peu que, pour que, pourvu que, quel que (et quelque... que), qui que, quoique (et quoi que), avant que , sans que, si bien que, si peu que, si tant est que, soit que... soit que, supposé que, trop... pour que
(et malgré que: cette dernière est à éviter car impropre sauf lorsque cette locution est suivie d''avoir' -> malgré qu'il ait ... Néanmoins elle est employée de plus en plus régulièrement et doit être citée. Elle est obligatoirement suivie du subjonctif).

D'autres locutions sont suivies soit du subjonctif, soit de l'indicatif, selon le sens de la phrase.
Nous vous enverrons ces documents de sorte que vous les receviez à temps. :
Le subjonctif exprime une réalité ici incertaine dans la mesure où elle n'est pas encore accomplie.
Les appareils n'ont pas été installés correctement, de sorte qu'ils sont inutilisables. :
L'indicatif exprime une réalité, une certitude : les appareils sont inutilisables.

•- subordonnée relative

On emploie le subjonctif si la proposition relative indique que l'on fait une sélection dans un nombre limité de possibilités.

Je connais des élèves qui sont attentifs.
J'aimerais des élèves qui soient attentifs.
Je cherche une armoire qui ait trois portes.
J'ai vu une armoire qui a trois portes.
(notez que l'on retrouve aussi l'idée de doute sur la réalisation de ce que je dis)